Manufakturhuset er landets eldste «fabrikkbygning» og byens største verdslige bygning fra barokken (1646). Det er ble opprinnelig bygget som institusjon for barn som ble lært opp til tekstilarbeid. Senere har det også blitt brukt som tukthus, arbeidsanstalt og skole. De tvangsansatte produserte klær til militærvesenet. I dag blir bygget brukt til kommunale kontorer og kantine. Etter bybrannen i 1702 fikk arkitekt Johan Conrad Ernst ansvaret for gjenreisningen av de offentlige bygningene i Bergen, deriblant Manufakturhuset, og det ble tatt i bruk igjen i 1743. Det ble senere rehabilitert av arkitektene J.L. Andersen og K.H. Irgens i 1990. Eksteriøret er tilbakeført til slik det så ut etter en ombygging i 1768 ved arkitekt Johan Joachim Reichborn.
Manufakturhusets kirke ble innredet i første etasje i 1744 og det gamle interiøret i kirkerommet er forsøkt gjenskapt.