Se video av fremstillingen av Nonneseter kloster.
Nonneseter kloster ble grunnlagt på første halvdel av 1100-tallet, og lå sørøst for den tettere bybebyggelsen. Klosteret tilhørte benediktinerordenen og var trolig en kongelig grunnleggelse. Det er rimelig å anta at etableringen av klosteret strekker seg tilbake til 1120-tallet, til Øystein Magnusson og Sigurd Jorsalfares tid.
Klosteret ble trolig etablert som et abbedi med tolv nonner ledet av en abbedisse. De første nonnene kom sannsynligvis fra utlandet, men etter relativt kort tid avla også norske kvinner klosterløftet her. De fleste nonnene ble rekruttert fra velstående familier slik det var vanlig for kvinnekloster.
Klosterkirken var viet til jomfru Maria. På siste halvdel av 1200-tallet ble klosterkirken utvidet mot øst. Vi kan regne med at utvidelsen var et resultat av rike gaver, både gjennom testamenter og fra stormannsfamilier som plasserte sine døtre i klosteret, noe som også kan forklare at antallet nonner var økende i perioden. I 1320 var det i alt 35 aktive nonner i Nonneseter.
Svartedauden i 1349 rammet klostrene hardt. Ved midten av 1400-tallet var det bare noen få nonner igjen i Nonneseter. Etter at Birgittinerklosteret Munkeliv på Nordnes brant i 1455 ble nonnene i Nonneseter beordret av kong Kristian I til å forlate klosteret og ta inn i andre benediktinerklostre i landet, slik at birgittinerne kunne overta klosteret og dets eiendommer.
I 1507 overtok brødre av St. Antonius’ orden klosteret og drev hospital der. I 1528 ble klosteret gitt til lensherren på Bergenhus, Vincent Lunge, og eiendommen fikk etterhvert navnet Lungegården. Etter at Lungegården brant siste gang i 1891, fikk Fortidsminneforeningen kjøpe de gjenværende restene etter klosteret; tårnfoten i vest og et gotisk korkapell eller sakristi mot sør-øst. Det har vært arkeologiske undersøkelser av klosteret i flere omganger, første gang i 1872 ved Peter Blix, sist ved NIKU i 2013.
Det finnes i dag ikke spor av de øvrige klosterbygningene. Tårnfoten er i dag brukt som minnehall over krigens ofre.