Eldgammal
Den eldste historia til St. Tomaskyrkja er ikkje heilt viss. Ho er vigsla til St. Tomas. Thomas Becket, erkebiskopen av Canterbury, som vart myrda 29. desember 1170, vart i 1172 kanonisert (gjort heilag) og fekk namnet St. Tomas. Kyrkja i Smeddalen på Filefjell skal vera bygd mellom 1174-1181 og skal ha vorte kosta av kongen. Kyrkja vart truleg bygd på ein stad som frå før var samlingsstad for folk frå begge sider av fjellet. Ein stad som hadde heidenske tradisjonar. På fjella kring Valdres var det frå gammalt stader der folk møttest til leik og dans. På fleire av desse stadene vart det sett opp fjellkyrkjer.
Det skal ha budd folk i Smeddalen som dreiv med utvinning av jern frå myrmalm. Nokre meiner at kyrkja vart bygd som andaktsstad for desse. Andre meiner det er meir truleg at kyrkja vart bygd for dei mange reisande som ferdast over fjellet.
Skjult og gløymd
Etter Svartedauden skal kyrkja ha vorte gløymd. Det skal ha vakse til ein tett furuskog i Smeddalen etter Svartedauden og kyrkja vart skjult av denne skogen. Ei segn fortel at ho vart attfunnen av ein jeger som skaut ei pil etter ei rype og fekk høyra ein vakker klang då pila trefte kyrkjeklokka. Truleg visste jegerane om kyrkja lenge og nytta henne til overnatting og til å røyka kjøt i. Folketrua ville ha det til at det var ei huldrakyrkje han hadde funne og at det var dei underjordiske som hadde skjult kyrkja. Budeiene på Kyrkjestølane var visse på at dei underjordiske heldt til der. Då kyrkja skulle rivast var det mange som nekta å delta i dette arbeidet, dei frykta straffa frå dei underjordiske.
På byrjinga av 1600-talet (1615-1620) skal St. Tomaskyrkja ha vorte teken i bruk att. Soknepresten i Vang stod for oppussinga av kyrkja og tok på seg å preike der ein gong kvar sommar. Frå prost Ove Wangensteen si tid (1629-1660) vart preika lagt til 2. juli, Marias besøkelsesdag eller syftesok.
Lovekyrkje
Alt frå katolsk tid hadde St. Tomaskyrkja vore ei lovekyrkje. Ei lovekyrkje var ei kyrkje folk lova å gi noko til som takk for lækjedom. Etter folketrua var det noko i desse kyrkjene, t.d. eit krusifiks, som hadde undergjerande kraft. Dei mest kjende lovekyrkjene i Norge var Nidarosdomen, Røldalskyrkja, Hegglandskyrkja i Telemark og St. Tomaskyrkja. Til desse kyrkjene var det valfarting, ikkje minst av sjuke som ville få lækjedom, men også av syndarar som kom for å gjera bot. Dei hadde med seg pengar, krøter og inventar som dei gav til kyrkja. Eigedommane til St. Tomaskyrkja talde snart ein 400-500 dalar, kyrkjekyr og anna. Alt dette vart styrt av bonden på Skogstad i Øye sokn i Vang prestegjeld.
Den gamle kyrkja
St. Tomaskyrkja som vart rivi i 1808 skal ha vore ei stavkyrkje om lag på same storleik som Borgund stavkyrkje. Ho hadde svalgangar heile vegen rundt og søyler i samband med bogar. Om lag dei same grunntrekka som Høre og Hegge stavkyrkjer. Men søylene var mykje spinklare enn i dei andre stavkyrkjene. Inngangsdøra var på sørsida. Kyrkja hadde seks eller sju stolstader på kvar side og kvar av desse romma seks til åtte personar. Ho var sparsomt dekorert og alteret var murt av store steinar. Alterringen hadde ikkje gitterverk, men var av ståande panel. Koret var forma som ein halv sirkel. Her var berre tre små vindauge som slapp inn litt lys. Utanfor kyrkja var der ein kyrkjegard som var omgitt av ein steingard.
Etter at kyrkja vart teken i bruk att på 1600-talet fekk ho mange gåver frå folk i form av inventar og liknande. Dette gjorde at kyrkja fekk ei rikare utsmykking. Men manglande tilsyn gjorde at både ville og tamme dyr somme gonger søkte tilflukt i bygningen og gjorde skade på interiøret. Inventaret vart ikkje oppbevart i kyrkja utanom på messedagen, elles var det oppbevart på garden Skogstad.
Kyrkjestemna
Til den årlege messa på syftesokdagen kom det mykje folk både frå Valdres, Sogn og Hallingdal. Det vart folksamt på sletta rundt den vesle fjellkyrkja. Stemnefolket kledde seg i den finaste stasen og ridetøyet var av beste slag. Mang ein sprek halling gjekk før stemna og gleda seg til han skulle banke og rispe valdresen eller sogningen som hadde fornærma han på messa året før.
I samband med messa vart det halde ein stor marknad i to til fire dagar. Her handla dei og bytte både hestar og krøter. Ein del anna småhandel gjekk også føre seg. På marknaden dansa dei, dreiv med kappriding og mange slags godkarstykke vart vist fram. Her vart det drukke mykje øl og brennevin. Livet vart såleis svært lausslept. Mange slåstkampar vart utkjempa. Det var ikkje så mange som var inne i kyrkja og høyrde på messa, og ikkje var det plass nok i kyrkja heller. Då det var uråd å halda messa utan at her vart leven, vart det vedteke å riva kyrkja. Alt i 1740-åra kom det framlegg frå biskopen og stiftsbefalingsmannen i Akershus stift om å riva kyrkja. Men det var fyrst etter biskop Bech sin visitasmelding frå 1807 at det skjedde noko. Han gjorde framlegg om at kyrkja burde rivast og 24. juni 1808 vedtok kyrkjestyret riving. 2. november same året vart kyrkja seld for 46 riksdalar. Dei nye eigarane reiv straks kyrkja.
Ny kyrkje
Den folkekjære kyrkja vart aldri gløymd. Alt i 1920-åra baud direktør Gert F. Heiberg ved De Heibergske Samlinger-Sogn Folkemuseum i Amla seg til å skaffa gratis trevyrke til reising av ei ny St. Tomaskyrkje i stavkyrkjestil. Men arkitekt Olaf Due laga like etter teikningar til ei steinkyrkje. I 1922 vart arbeidet med grunnmuren sett i gang. Prost Barth la ned eit skrin med ymse dokument om den nye kyrkja dei skulle reise. Det synte seg snart at dei hadde samla inn for lite pengar og bygginga måtte difor stansast.
Også under andre verdskrigen vart det gjort forsøk på å samla inn pengar til bygging av ny kyrkje. Då var det ei nemnd under Noregs ungdomslag som stod for dette. Formann i nemnda var Ivar Opdal frå Vang.
I 1960-åra byrja for alvor arbeidet med å få reist ei ny St. Tomaskyrkje på om lag same staden som den gamle hadde stått. I 1966 vart det laga eit opprop om stønad til reising av St. Tomaskyrkja på Filefjell. Bak oppropet stod "Nemnda for attreising av St. Tomaskyrkja". I leiinga for nemnda var soknepresten i Vang, Ole Johan Bondahl, bonde Ivar Opdal og lærar Anders Hermundstad. Av oppropet går det fram at dei til då hadde samla inn 95 000 kr, men at dei oppmoda folk til å gi meir då dette var for lite til å få oppført ei høvande kyrkje. Seinare overtok Kjell T. Lund som sokeprest i Vang og leiar av attreisingsnemnda. Nemnda fekk etter kvart 12 medlemer, frå Vang, Lærdal og Årdal.
Syftesokdagen 1971 kunne endeleg den nye St. Tomaskyrkja vigslast. Kyrkja var teikna av arkitektane Jon og Claus Lindstrøm. Ho skulle ha ein økumenisk funksjon og vera tilgjengeleg for alle kristne trussamfunn. Både den katolske biskopen John W. Gran og biskop Alex Johnson i Hamar bispedøme var til stades under vigslinga. Alt fyrste dagen vart ei brurepar frå Årdal vigsla i nyekyrkja.
I dag er det det kyrkjelege fellesrådet i Vang, ved Øye sokneråd, som har ansvaret for kyrkja. Det vert halde gudsteneste i St. Tomaskyrkja kvar påske. Om sommaren, juli-august, er det jamnlege gudstenester. Då går desse på omgang mellom sokneprestane i Vang, Lærdal og Årdal.