Gift med dotter til bergensbispen
Det vert sagt at han kunne tyde fuglemål og andre dyremål, han var velkjend med svarteboka, svært opplyst innan naturvitskapen. Han var òg godt inne i både gammalnorsk og dei gammalnorske lovene.
Bråket som til slutt førte Jon Mogensen Skanke til galgen, starta etter at han vart tilsett som rektor for Bergens Latinskole i 1594. På same tid gifta han seg med Magdalene Foss, dottera åt bergensbispen Anders Foss. Ho var enkje og hadde eitt barn. Forholdet mellom henne og den nye mannen skal ha skore seg kraftig alt i samband med arveoppgjeret mellom Magdalene og barnet. Jon godtok ikkje fordelinga, og fór ille med kona si. Kona rømde, og Jon la både henne og svigerforeldra for hat.
Stemna for høgsterett
Historiene om kva han fann på er mange. Ein gong skal han ha fått fatt i både kona og svigermora, og drege begge gjennom rennesteinane i byen godt hjelpt av vener i skulemiljøet. I fyrste omgang enda den klanderverdige livsførsla med at Jon Mogensen Skanke vart avsett som rektor. Han svara med å skulde svigerfaren, bispen, for å øydeleggje latinskulen. Bispen godtok ikkje skuldingane og stemna svigersonen for retten. Saka vart ført for høgsterett i København, og avdekte mykje både om den stygge oppførselen mot familien og om korleis Jon hadde forsømt jobben som rektor på latinskulen. Kona fekk meldt frå via retten at ho ønskte skilsmisse. Ho ville heller døy enn å leve saman med Jon.
Sokneprest i Innvik
Den omstridde mannen hamna i fangeholet Blåtårnet i København, og etter fleire rundar i retten bøygde han av og bad kona og familien om tilgjeving. Han lova dessutan å leve saman med Magdalene som ein ærleg mann og akte henne. Dermed flytta dei saman att. Frå København søkte han på nye embete, og no fekk han stillinga som sokneprest i Innvik. I åra som følgde fødde prestefrua fleire born.
Mange klagemål på presten
I rettssaka mot presten, som gjekk føre seg på fylkestinget i Davik mange år seinare, var jordmora eitt av vitna. Ho kunne fortelje at presten hadde tvinga kona til hardt arbeid trass i at ho var høggravid, og at ho somme tider ikkje våga seg heim til prestegarden, men søkte husly andre stader. Fem andre vitne kunne fortelje at dei hadde sett Jon truge kona med ei vedaskie. Han vart vidare skulda for hor både med ei terne på garden og fleire jenter på bygda. Han skulle ha nekta nokre nattverd og eit par vart nekta vigsle. Jon vart òg skulda for ulovleg handel. Lista med klagemål var lang. Det var ikkje berre kona si Skanke vart skulda for å ha plaga. Han hadde vore så hard med klokkaren i bygda at mannen til slutt tok livet av seg. Tolv menn frå kyrkjelyden sette fram krav om at dei måtte få ein annan prest, og på ny kravde kona skilsmisse. Jon prøvde å røme frå alt, men vart til slutt pågripen.
Halshoggen
Den endelege dommen fall på tinget på Tonning i Stryn og vart fullbyrda i 1618. Jon Mogensen Skanke vart avretta ved halshogging. Ein stad i skogen nedanfor prestegarden blir kalla for Steglet, kanskje var det der hovudet til presten vart sett på stegl (stake). Seinare er det gitt fleire skildringar av kva slags mann Jon Mogensen Skanke var. Her er historia i kortform slik ho er kjend frå bygdesoga.