Herdleflaket er eit stort og grunt sjøområde, mange stader grunnare enn 8–10 meter. Berre småbåtar kan ta seg trygt fram. På sjøbotnen er det mest berre sand, med ein rik botnfauna som er lett tilgjengeleg for sjøfuglane.
Ærfuglen er karakterarten framfor nokon på Herdleflaket og elles kring Herdla. Han er mest talrik på seinhausten og gjennom vinteren. Ein har sett opptil 2300 individ samstundes. Ærfugl frå store delar av Midtog Nordhordland samlar seg ofte ved Herdla for å overnatta. På føremiddagen dagen etter kan ein sjå flokkar spreia seg frå Herdla, både til den ytre skjergarden og til dei meir skjerma fjordsystema.
På delar av Herdleflaket og i sundet mellom Lamøyna og Herdla er djupna berre nokre få meter. Her slepp ærfuglen å dukka djupt for å få mat. Det er såleis her dei største flokkane held til. Ærfuglen si hovudnæring er vanlegvis blåskjel og andre muslingar, som han hentar frå havbotnen. Men på Herdleflaket er det lite blåskjel, så her tek han gjerne til takke med sjøstjerner og andre botndyr.
Sjøorren er ein annan art som hentar næringa frå havbotnen. Han grev fram muslingar og skjel frå sanden. Etter at det i 1990 vart slutt på sandopptak frå havbotnen ved Herdla, har talet på overvintrande sjøorrar auka. På det meste er det sett knapt 200 individ. Ingen annan stad i Hordaland kan du sjå slike mengder av denne arten. Dette har samanheng med dei særskilde krava han set til levemåten: blaut havbotn, rik på skjel.
Ein annan typisk art på Herdleflaket er silanda, som òg hekkar på Herdla. Det gjer ikkje havella, men i mars–april kan du sjå og høyra vårspelet til denne smekre anda både på Herdleflaket og i Lamøysundet. Vinterstid ligg det gjerne storskarv på Herdleflaket, forutan ein og annan lom og gråstrupedukkar.
Det er forbod mot garnfiske på Herdleflaket. Det er ikkje på grunn av fuglane, men fordi Herdleflaket har vore ein del av eit militært øvingsområde.
