Frøysetvassdraget vart verna i 1986. Fredinga vart gjord på bakgrunn av omfattande naturfaglege granskingar kring 1980. Då vart det påvist 272 artar karplanter i området. Talet er ikkje særskilt høgt, ettersom 60 prosent av vassdraget ligg under tregrensa. Av småkreps vart det registrert 20 artar, 14 artar vasslopper og 6 artar hoppekreps. Heller ikkje dette er noko stort mangfald. Vassdraget var såleis eit enkelt økosystem, med dei vanlegaste dyregruppene, men få artar i kvar gruppe. Det enkle økosystemet gjer det etter måten overkomeleg å studera dei biologiske prosessane i vassdraget. Dermed fell det òg tilsvarande lettare å samanlikna med tilhøva i andre vassdrag.
Ikkje minst er Frøysetelva eit viktig «laboratorium» for å studera verknader av sur nedbør. Også i så måte representerer elva eit heller ukomplisert system. Det samla nedbørsfeltet er på om lag 120 km². Vatnet renn gjennom eit område med einsarta, harde bergartar, mest gneisar, men òg noko kvartsitt. Denne fjellgrunnen gir svært lite tilskot av ion til vatnet. Både elvar og vatn er derfor svært sure. pH-verdiane vart målte til 4,6–4,9 tidleg på 1980-talet. Vassdraget har såleis låg bufferevne mot ytre påverknader, som sur nedbør.