Laksen gjekk opp til Raudfossen,og i dei lange og breie elvestrekka var det mange gode fiskeplassar. I eit godt lakseår var det ikkje uvanleg at ein fiskar åleine kunne få 5–6 laksar på 10–25 kilo ein og same dagen. Gjennomsnittsvekta frå 1930 til 1960 låg på 10–12,5 kilo – Ekso kunne tola samanlikning med større elvar, som Vosso, Tana og Altaelva. Heilt fram til midten av 1980-talet var fisket godt, også etter sjøaure. Då gjekk laksefisket brått ned, og frå 1990-talet vart det inga anna råd enn å freda laksen.
Vasskvaliteten i Ekso har vore overvakt sidan 1980. I periodar med lite vassføring har dårleg kvalitet på vatnet ført til svikt i oppveksten av yngel. Surt vatn påverkar formeiringa til fisken – laks har svak eller inga forplanting når pH-verdien kjem under 6. Den viktigaste årsaka til denne utviklinga er den sure nedbøren som kjem inn med ureina luft frå sør eller sørvest. I Ekso har vassdragsendringane i samband med kraftutbygginga forsterka denne utviklinga. Det vatnet som var att i den 3,9 kilometer lange lakseførande elvestrekninga, vart surare enn laksen kunne tola. Ekstra ille vart det i de nedre delen av elva etter 1987, då Myster kraftverk vart sett i drift.
Vasskvaliteten er òg avgjerande for mange smådyr som lever i ferskvatn. Særleg kritisk er larvestadiet for fleire artar av døgnfluger og vårfluger. Larvane til mange av desse insekta lever stort sett på same staden i elva over lang tid, og i kalde vassdrag treng dei gjerne fleire år på å utvikla seg. Forskarar ved Universitetet i Bergen har utvikla ein viktig metode til å nytta slike organismar som indikator på vasskvalitet. Er forsuringsfølsame artar til stades, tyder det at vasskvaliteten har vore god i lengre tid. På Vestlandet er det helst om vinteren og i snøsmeltinga om våren dei suraste periodane i elvane oppstår, og då er normalt mangfaldet av insektlarvar i elva lågast.
Det blir satsa mykje på at laksen skal venda attende til Ekso. For å bøta på den dårlege vasskvaliteten vart det våren 1997 bygt eit kalkingsanlegg ved Tverrdalsbekken ved Høvik. Kvart år blir det her tilført 300–500 tonn kalk til elva for å heva pH-verdien i den lakseførande delen av elva til 6,2–6,5. Kraftutbyggjarane har fått pålegg om å setja ut yngel og smolt i elva, og fram til 1998 var det eit eige klekkjeri for denne fisken på Eidslandet. Det er òg oppretta eit eige fagråd, som har utarbeidt ein plan med ei rekkje tiltak – eitt av dei er å få jamna ut vassføringa i elva nedanfor kraftstasjonen. I dag er det berre lov å fiska sjøaure og oppdrettslaks i elva. Sjøaurebestanden er aukande, med fisk på 1–5 kilo. Er vassføringa lagleg, kan det bli fine fangstar. Villaksen er framleis freda på grunn av lite fisk og problema med innblanding av oppdrettslaks.
