Skipet i mellomalderkyrkja dannar koret i den noverande kyrkjebygningen, medan det opphavlege koret i dag er innreidd til sakristi. Det gjekk attende med Stødle-ætta i seinmellomalderen, og kyrkja gjorde no berre teneste som soknekyrkje. Folketalet auka i Stølesokna, og i første halvdel av 1600-talet vart det bygd eit nytt skip i tømmer. Storstormen i 1673 gjekk også hardt ut over Støle. Kyrkja fekk ei større vøle i 1698-1700 og vart måla innvendig i fargerik barokk. Vesttårnet, som erstatta eit eldre tårn, vart bygd i 1700-åra. Kyrkja vart i mellomalderen kalla Kristkyrkje. Framleis er Støle hovudkyrkja i Etne. Mot slutten av 1800-talet vart kyrkjeinteriøret overmåla, men den gamle dekoren kom fram att ved restaureringa i 1957.
På nordmuren, vest for portalen, kan vi sjå svake spor etter eit mellomalderleg kalkmåleri. På nordveggen heng det også delar av ei katekismustavle frå 1636. Veggene i skipet er prydde med draperi, rankar og apostelfigurar. Preikestolen, frå første halvdel av 1600-åra, er rikt dekorert med beslagornamentikk; «hermer» og «karyatider». Gallerifronten i vest har ei framstilling av dei fem kloke og dei fem dårlege jomfruene; ein sentral biletbodskap i kyrkjedekoren under reformasjonen.