Etter at Myrkdalsdeltaet vart sterkt endra ved senking og oppdyrking, er Lønaøyane rekna som det rikaste fugleområdet i vossaregionen – mangfaldet gir òg staden ein plass blant dei mest verdifulle i fylket.
Det veks rikeleg med vassplanter som elvesnelle, flaskestorr og sennegras i reservatet – nokre stader òg strandrøyr. Heile 135 fugleartar er registrerte i området, av dei 36 sannsynlege hekkefuglar. Mellom anna finst ein god hekkebestand av ulike vadefuglar og ender. Fiskemåse hekkar fast. 1–2 par toppender gjer gjerne hekkeforsøk kvart år, men reira blir ofte tekne av flaum. Somme år hekkar jamvel eit par av den til vanleg kystbundne tjelden. I trekktidene er toppand og vipe dei mest talrike. Seinhaustes er det ofte flokkar av songsvaner å sjå i Lønavatnet. Når isen legg seg, overtek isfiskarane fuglematfatet for å sikra seg litt av røya og auren i vatnet.
I august 1998 vart det bygt eit fugleobservasjonstårn i reservatet, med fri tilgang.Tilkomsten skjer langs ein merkt stig frå parkeringsplassen ved Nesheimtunet (oppe til venstre på flyfotoet).
